社伝によると、大同4年（809年）社殿を平城京より平安京に遷した際、大住山において霊光を拝し、この地に社殿を建立したのを創建とする。鳥羽・伏見の戦いの際は、戦火を避けるため石清水八幡宮が一時遷座され、御神宝が薬師堂に安置された。
隼人舞
九州南部の大隅隼人が奈良時代大住に移住し、この大住隼人が郷土の民俗芸能の隼人舞をこの月讀神社に奉納して舞伝えてきたという伝承から、隼人舞の発祥地とされている。10月14日の例祭宵宮では、現在も隼人舞が奉納される（京田辺市指定無形民俗文化財）。また、当神社が所在する「大住」という地名も九州の「大隅」に由来と考えられる
